[torqueusers] Question about qsub file with argument

Abraham Zamudio abraham.zamudio at gmail.com
Wed Sep 29 13:13:15 MDT 2010


I have a mpich2 program , This program takes one ( argv[1] ) argument
( *./program    file_to_analyze
*) .

I send him to the queue  of torque

#######################################################################################################################################


#####################
#### run_all_files.sh ####
#####################
*$FOLDER = /path/to/files
for i in $(ls $FOLDER ); do
    qsub cola.qsub $i
done
*#####################


#######################################################################################################################################

#################
#### cola.qsub ####
#################
#PBS -S /bin/bash
#PBS -N proof
#PBS -q queue_2
#PBS -l nodes=Four_processors:ppn=4+Eight_processors:ppn=8
#PBS -j oe
#PBS -o cola.$PBS_JOBID.$1

mpiexec /PATH/TO/MPI_SOFTWARE/program   $1
#################


#######################################################################################################################################


For run (all jobs , one per file_to_analyze)  :

./run_all_files.sh

seems it can not work this way. can someone help ??? .



-- 
Abraham Zamudio Ch.
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